Innanzitutto, se ti stai approcciando adesso al mondo della chitarra, impara che non sempre si può dire se uno strumento è "migliore" di un altro, in quanto entrano in gioco considerazioni soggettive ed esigenze personali che fanno sì che ciò che è meglio per Tizio non è meglio per Caio e viceversa...
Nel caso delle chitarre che hai citato, ad esempio, se andiamo a vedere prezzo e caratteristiche direi che la Epiphone Les Paul Standard (modello della gamma medio-alta Epiphone) si colloca un gradino più in alto delle Affinity (modelli di fascia medio-bassa Squier), ed andrebbe piuttosto paragonata alle Vintage Modified e alle Classic Vibe (modelli Squier di fascia più alta, costruite con maggiore cura e materiali migliori). Non per questo, però, posso consigliarti la Epiphone, poichè non conosco i tuoi gusti e le tue esigenze: la Les Paul è uno strumento molto "rock", efficace anche con distorsioni spinte, con un suono cupo e pieno, mentre le Squier hanno un suono più brillante e sottile, molto efficace con puliti e distorti leggeri. Se andiamo a vedere le caratteristiche tecniche (su cui non mi dilungo...le trovi sui siti ufficiali), poi, emergono decine di altre differenze tecniche e costruttive, che li rendono strumenti adatti a target differenti.
Tieni cmq conto che stiamo parlando di strumenti piuttosto economici e dalla qualità costruttiva non sempre costante. Il consiglio migliore che posso darti, quindi, è di recarti in un negozio ben fornito insieme ad un amico più esperto, che possa guidarti di persona nella scelta, magari cercando anche nell'usato (a parità di budget puoi trovare strumenti di categoria superiore)...in bocca al lupo!!!